Dom José Ionilton nasceu em 9 de março de 1962, na Fazenda Chã, em Araci, Bahia. Estudou Filosofia no Seminário Diocesano de Vitória da Conquista/Bahia e Teologia na Faculdade Beneditina do Rio de Janeiro. Emitiu a profissão religiosa em 21 de janeiro de 1990 e foi ordenado sacerdote em 19 de janeiro de 1992. Ele pertence à Congregação dos Padres Vocacionistas – Sociedade das Divinas Vocações (SDV). Antes de ir para Itacoatiara, onde tomou posse como bispo em julho de 2017, exercia o vicariato da Paróquia Nossa Senhora da Conceição, em Riachão do Jacuípe, na Arquidiocese de Feira de Santana, na Bahia.
Em abril de 2018, foi eleito vice-presidente da CPT durante a XXX Assembleia Geral da Pastoral. Dom Ionilton foi reeleito na XXXIII Assembleia Nacional da CPT, realizada entre 6 e 8 de abril de 2021, para a gestão da Diretoria Nacional da CPT, como vice-presidente, para o próximo triênio: 2021 – 2024.
Após o falecimento do presidente recém-reeleito, Dom André de Witte, ocorrida em 25 de abril de 2021, Dom José Ionilton assume interinamente a presidência da CPT.